Pharos telt ongeveer 55 vaste en tijdelijke medewerkers en heeft twee afdelingen: Kennisontwikkeling en -overdracht (KO&O) en Informatie en Communicatie (I&C).
Daarnaast werkt een aantal (staf)functionarissen op het terrein van facilitaire diensten.

De afdeling KO&O bestaat methodiekontwikkelaars, onderzoekers, trainers en adviseurs. Zij doen onderzoek, ontwikkelen interventies en maken kennis praktisch bruikbaar voor lokale partijen, zorgverleners en beleidsmakers. Het werk van de KO&O afdeling omvat vijf meerjarenprogramma’s:

1. Jeugdige Migranten, Vluchtelingen en Gezondheid
2. Effectiviteit somatische zorg en preventie/chronische ziekten
3. Migrant als klant: versterken rol en regie migranten in de gezondheidszorg
4. Gezondheid asielzoekers en vluchtelingen
5. Preventie Vrouwelijke Genitale Verminking en Gezondheid
De afdeling I&C bestaat uit het Informatie & documentatie-centrum (Infodoc), de Uitgeverij, het Informatie- en Adviespunt (I&A punt), Scholing en Training (S&T), Webbeheer en Marketing en PR. Samen dragen zij zorg voor de kennisover-dracht van de organisatie, o.a. via: 
• de websites van Pharos
• de boeken, tijdschriften en andere publicaties van de uitgeverij
• de talloze vragen van professionals die door het I&A punt en Infodoc beantwoord worden
• de trainingen die verzorgd worden 
• de conferenties, expertmeetings e.d. die georganiseerd worden
• de pers en andere media.

Organogram Pharos 
Medewerkers Pharos